Pada babak ini, 32 tim tersebut terbagi menjadi dua wilayah. Barat dan Timur. Wilayah barat sendiri dibagi menjadi dua zona.
Sriwijaya FC, PS Keluarga USU, PSBL Langsa, Bhayangkara FC, Persija Jakarta, 757 Kepri Jaya FC, Semen Padang FC, PS Tira masuk di wilayah barat zona 1.
Zona 2 diisi oleh Persibat Batang, PSIS Semarang, Persiwa Wamena, Persib Bandung, Madura United FC, Cilegon United FC, Arema FC, Persita.
Untuk wilayah timur zona 1 tergabung Persinga Ngawi, Persebaya, Blitar United, Bali United, Barito Putera, PSS Sleman, Persela Lamongan, Persik Kendal.
Klub-klub seperti PS Mojokerto Putra, Borneo FC, Persidago Gorontalo, Persipura, Perseru Serui, Mitra Kukar, Kalteng Putra dan PSM Makassar tergabung di zona 2.
Sekretaris Jenderal PSSI Ratu Tisha Destria, dalam sambutannya pada pengundian Kratingdaeng Piala Indonesia 2018, mengucapkan terima kasih kepada para peserta. "Baik yang sudah gugur atau yang sekarang masuk ke babak 32 besar ini saya mengucapkan terima kasih karena sudah meramaikan gelaran ini," katanya.
"Semangat dari gelaran ini adalah membangkitkan sepak bola daerah, olahraga ini harus merakyat sampai ke pelosok-pelosok daerah di Indonesia," lanjutnya.
Rencananya, kick off pertandingan pertama Kratingdaeng Piala Indonesia akan dilakukan hari Selasa, tanggal 22 hingga 29 Januari 2019 untuk putaran pertama. 30 Januari 2019 – 6 Februari 2019 untuk putaran kedua.
Berikut ini hasil drawing babak 32 besar Piala Indonesia 2018:
Wilayah Barat Zona 1
Sriwijaya FC vs PS Keluarga USU
PSBL Langsa vs Bhayangkara FC
Persija vs 757 Kepri Jaya FC
Semen Padang FC vs PS Tira
Wilayah Barat Zona 2
Persibat Batang vs PSIS
Persiwa vs Persib
Madura United vs Cilegon United
Arema FC vs Persita
Wilayah Timur Zona 1
Persinga Ngawi vs Persebaya
Blitar United vs Bali United
Barito Putera vs PSS Sleman
Persela Lamongan vs Persik Kendal
Wilayah Timur Zona 2
PS Mojokerto Putra vs Borneo FC
Persidago Gorontalo vs Persipura
Perseru Serui vs Mitra Kukar
Kalteng Putra vs PSM Makassar