Mantan Panglima TNI ini dikabarkan menderita stroke hingga akhirnya meninggal dunia pada pada Minggu, 10 Mei 2020 pukul 06.30 di RSPAD Gatot Subroto.
Dalam kepengurusan PP PBSI, Djoko merupakan ketua umum untuk masa bakti 2008-2012. Dalam kepemimpinannya, PBSI berhasil mempersembahkan medali emas Asian Games 2010 lewat ganda putra Markis Kido/Hendra Setiawan, serta gelar All England 2012 dari ganda campuran Tontowi Ahmad/Liliyana Natsir.
"Keluarga besar PBSI sangat kehilangan sosok yang telah banyak berjasa bagi perkembangan bulutangkis Indonesia. Sepanjang masa baktinya memimpin PBSI, beliau tak pernah lelah untuk terus berupaya memajukan prestasi bulutangkis. Selepas masa jabatannya pun, beliau masih terus memberikan perhatian dan dukungan untuk bulutangkis," kata Wiranto, Ketua Umum PP PBSI, seperti dikutip situs PBSI.
Masa bakti Djoko di PBSI berakhir pada tahun 2012 dan digantikan oleh Gita Wirjawan. Namun dia tetap menjadi anggota Dewan Kehormatan PP PBSI masa bakti 2016-2020 bersama Try Sutrisno, Soerjadi, Subagyo Hadisiswoyo, Chairul Tanjung dan Sutiyoso.
Mantan pemain Pelatnas, Liliyana Natsir mengatakan, sosok Djoko yang kebapakan sekaligus pemimpin yang berwibawa tak akan pernah dilupakan Liliyana.
"Turut berduka cita sedalam-dalamnya atas meninggalnya Pak Djoko Santoso, beliau adalah sosok yang rendah hati, sosok yang bertanggung jawab, sosok orang tua yang mengayomi anak-anaknya," ujar Liliyana.
"Waktu beliau menjabat sebagai ketua PBSI, masih ingat dalam ingatan saya, setiap kekalahan atletnya beliau selalu mengatakan saya orang yang bertanggung jawab, jangan salahkan atletnya tapi salahkan saya sebagai ketua PBSI," kenang Liliyana.
Senada dengan Liliyana, pemain senior Hendra Setiawan juga mengenang sosok Djoko sebagai pemimpin yang tegas dan memberikan banyak perhatian kepada para atlet.
"Beliau seorang pemimpin yang tegas tapi juga baik. Pak Djoko juga sering datang ke pelatnas, banyak sharing dan kasih motivasi buat atlet-atlet semua," kata Hendra.